BioEstadística univariable y multivariable aplicada a resultados con muestras de secuenciación masiva

Actividad en streaming.

El curso consta de un total de 30 horas, distribuidas en seis horas durante cinco días consecutivos. No se requieren conocimientos previos ni de estadística ni de bioinformática y los conocimientos sobre Excel se explicarán sobre la marcha, aunque se aconseja estar familiarizado con Excel. No obstante, la semana antes del curso (una vez cerrado el periodo de matriculación) se mandarán ejercicios para homogeneizar el nivel de los estudiantes antes del comienzo del curso. Se recomienda fuertemente que cada estudiante tenga su propio ordenador portátil personal con programas estándar instalados (no se acepta plataforma OpenAccess para el Excel). Los estudiantes tienen que estar altamente motivados e involucrados en entablar “brain storming” durante la duración del curso. Nivel básico de inglés es recomendable aunque las clases se impartirán en español (English also possible).

Resumidamente, el primer día se hará una introducción del curso incluyendo la importancia del diseño experimental en el resultado final, se revisaran todos los programas que se utilizarán en los siguientes cuatro días, y se empezará a analizar los datos brutos que se enviarán a los estudiantes con antelación. El segundo día se hará la anotación taxonómica de las secuencias y se agruparán por fila, clase, orden, familia, genero y filotipo. Se harán las rectas de rarefacción, se normalizará la profundidad de secuenciación al mínimo de secuencias y se elaborarán los “heapmaps” de las muestras. Se obtendrán los índices medio ambientales (Richnness, Evenness, Shannon y Pielou índices) y se elaborarán las gráficas correspondientes. El tercer día se hará el agrupamiento (clustering) de muestras y se calcularán los coeficientes de correlación. En paralelo, se realizarán grupos de trabajo (cuatro estudiantes máximo por grupo). Cada grupo analizará un sub-grupo de secuencias y los resultados se expondrán a la clase durante la duración del curso. El cuarto día, se realizarán los cálculos requeridos para el estudio de co-ocurrencias de filotipos y se harán los gráficos correspondientes. El quinto día, cada estudiante presentará una presentación de 15 minutos por video conferencia con los resultados que ha ido obteniendo durante la semana.

El Centro Mediterráneo (CEMED) de la Universidad de Granada oferta nuevos cursos durante el segundo semestre. La formación se desarrollará de manera tanto online, como presencial en las distintas sedes del Centro, entre las que se encuentra la ciudad de Almuñécar y Chipiona. Estos cursos están abiertos a todas las personas interesadas, no únicamente a la comunidad universitaria, aunque esta última cuente con la posibilidad de obtener créditos ETCS optativos con su participación en las formaciones.